بدأ برنامج الماجستير في الهندسة الصناعية منذ عام 1407هـ، ويقدم البرنامج درجة ماجستير العلوم الهندسية في الهندسة الصناعية، وقد صمم المنهج الدراسي بطريقة تكفل تزويد الطالب بمعرفة واسعة في مجال الهندسة الصناعية من الناحيتين التقنية والعلمية؛ ويتيح للطالب التخصص في أحد المجالات الثلاث التالية: هندسة النظم الصناعية وهندسة نظم التصنيع وهندسة النظم البشرية. ويمكن للدارس الحصول على الدرجة بأحد الخيارين التاليين:

• دراسة 24 وحدة دراسية بالإضافة لإعداد الرسالة الجامعية (خيار الرسالة).
• دراسة 39 وحدة دراسية بالإضافة لإعداد مشروع تخرج (خيار بدون رسالة).
•